Obecnie można zauważyć stopniowe odchodzenie od badań EEG na rzecz badań neuroobrazujących takich jak tomografia komputerowa czy też rezonans magnetyczny. Badanie EEG jest natomiast cały czas niezbędne tam, gdzie należy analizować funkcję mózgu, a nie struktury anatomiczne. Do podstawowych zastosowań EEG zalicza się dziś diagnostykę padaczki, gdzie jest ono wykorzystywane łącznie z innymi badaniami. Ponadto EEG można stosować do analizy działania leków. Stosunkowo nowym zastosowaniem EEG są metody neurofeedbacku i BCI, które używają innego typu aparatury niż klasyczne pracownie EEG.