Z problemem rozmieszczenia elektrod związane jest zagadnienie elektrody odniesienia. Dane rejestrowane w celu mapowania muszą być zapisywane przy użyciu odprowadzeń jednobiegunowych, tzn. wszystkie elektrody pomiarowe (czynne) powinny być rejestrowane względem jednej elektrody. Ta elektroda określana jest mianem elektrody odniesienia, w celu zapewnienia poprawności rejestracji powinna być elektrycznie obojętna. Niestety na ciele człowieka nie ma miejsc elektrycznie obojętnych, na elektrodzie odniesienia zawsze istnieją jakieś potencjały, pochodzenia mózgowego bądź innego (np. sygnał EKG, który ma wielokrotnie większą amplitudę niż EEG). W związku z tym w analizie należy uwzględniać oddziaływanie elektrody odniesienia na sygnał rejestrowany, bowiem miejsce jej ustawienia wpływa na kształt i wielkość rejestrowanych potencjałów, a więc i wygląd map. Należy też podejmować odpowiednie działania, mające na celu likwidację niekorzystnego wpływu elektrody odniesienia. Obecnie najpopularniejsze elektrody odniesienia to:
- połączone płatki uszu,
- płatek prawego lub lewego ucha,
- odniesienie na pozycji F z lub C z lub pomiędzy tymi punktami,
- tzw. „average reference”, tworzona na drodze obróbki cyfrowej sztuczna, uśredniona elektroda odniesienia,
- inne odniesienia pozamózgowe.
Nie jest znana uniwersalna, najlepsza elektroda odniesienia, poglądy na temat zakresu zastosowań każdej z wyżej wymienionych elektrod są podzielone, jednak rysuje się tendencja do szerszego stosowania „average reference” i elektrod pozamózgowych. Wskazana jest także rejestracja kilku elektrod odniesienia, w celu wybrania najlepszej z nich dla danego przypadku i późniejszego przeliczenia danych. Możliwe jest także stosowanie odniesień tzw. źródłowych, w których odniesieniem dla każdej z elektrod jest jej najbliższe otoczenie, a które zostały opisane przez Hjortha.